При сканировании из Photoshop, действительно, используется twain-драйвер и интерфейс, прилагаемый к конкретному сканеру. В этом случае (как и если сканировать, запустив сначала интерфейс сканера, а в "пункте назначения" указать Photoshop - не знаю точно, все ли эту функцию выполняют :? ) Photoshop получает просто набор цветных точек с параметрами, выбранными при сканировании, без потерь качества, свойственных, к примеру формату JPEG. До того, как изображение будет сохранено, к нему вообще неприменимо понятие формата - есть только разрешение, глубина цвета и т.п.
Если сканировать через twain-драйвер, затем сохранить изображение, и только потом - открывать для обработки в Photoshop, то следует отметить, что нет смысла сохранять его со сжатием в JPEG.
Так что, объективно, если изображение будет обрабатываться, то лучше либо сразу импортировать его в Photoshop (или другой редактор), либо сохранять в форматах без потери качества (BMP, TIFF). А после обработки сохранять так, как следует для конкретной ситуации (полиграфия, web и др.)