XII-XIII вв. на этом месте находился погост Копорье - центр Водской пятины Новгородского княжества. В 1240 г. погост был захвачен немецкими крестоносцами и на его месте был возведен деревянный замок. В следующем году, замок был осажден новгородской дружиной под командованием Александра Невского. Вскоре, крепость была взята штурмом и разрушена до основания.
Прошло почти сорок лет и сын Александра, князь Дмитрий, строит в 1279 г. "город Копорию" сначала в деревянном варианте, а в следующем, в 1280 г., в каменном. Однако, вскоре, за излишнюю самостоятельность, новгородцы изгнали князя из Копорья, а крепость разрушили. Шведы воспользовались этим и высадили свои войска на берегах Нарвы.
Новгородцы в 1297 г. восстанавливают крепость, сыгравшую в следующем столетии важную роль в обороне границ Новгородской феодальной республики.
Летописцы уже в 1338 г. отметили: "...приходиша немца... воевать ни Толдогу и оттоле хотяху на Водскую землю и не взяше ничтож... но вышедши копорьяне с Федором Васильевичем и биша их". Через 10 лет шведский король Магнус Эриксон вновь безуспешно пытается овладеть Копорьем.
Вошедшие в 1478 г. в состав Московского государства новгородские оборонительные сооружения реконструируются в связи с появлением огнестрельного оружия и с изменением тактики обороны и осады крепостей. Со строительством Ямской крепости (конец XIV в.), значение крепости Копорье снижается.
Ливонская война (1558 - 1583 гг.) на завершающей стадии оказалась для Копорья и северо-западных русских земель трагической. Польское войско под предводительством Стефана Батория в 1581 г. пошло на приступ Пскова, а тем временем шведские войска захватили Ивангород, Ям и Копорье. Обессиленная длительной войной Россия была вынуждена заключить перемирие, уступив упомянутые крепости. Но уже в 1590 г. русские войска возвращают их России. Вновь за их стенами размещаются гарнизоны, а рядом с крепостью Копорье была основана стрелецкая слобода.
В 1612 г. началось очередное вторжение шведских войск в пределы Московского государства. Копорскую крепость осаждало до 2,5 тыс. шведов - вдесятеро больше, чем защитников крепости. Шведские мортиры своим огнем вывели из строя копорскую артиллерию. Подходили к концу боеприпасы и продовольствие. Помощи ждать было неоткуда, и обессиленный гарнизон Копорья был вынужден сдаться. Шведы использовали крепость как опорную базу для снабжения боеприпасами отрядов, осаждавших Ивангород и Псков.
По Столбовскому мирному договору от 27 февраля 1617 г. России были возвращены Новгород и Старая Русса, но несколько русских городов и крепостей, среди которых оказалось и Копорье, отошли к Швеции.
В 1656 - 1657 гг. русское войско пыталось вернуть Копорье, но попытки эти не увенчались успехом. Шведский наместник края С. Кельмфельт, предполагая, что такие попытки могут повториться, усилил гарнизон в захваченной крепости и укрепил обветшавший оборонительный комплекс. Фортификатор Эрик Дальберг, осмотревший Копорье в 1681 г., счел состояние крепости плохим и даже предлагал ее разобрать. Губернатор Ингерманландии Отто Ферсен - человек дальновидный - просил шведского короля сохранить Копорье, потому что "...войска могли в случае надобности чувствовать себя там в безопасности..."
В 1703 г., при Петре I, кампания за возвращение России исконно русских земель и городов завершилась победой. Взятием крепости Копорье руководил генерал-фельдмаршал Б. П. Шереметев. Русское войско, осадившее крепость, состояло из дворянской конницы, 5 пехотных полков и 5 пушек. Затем Петр I прислал Шереметеву подкрепление из-под Ямбурга - 3 полка солдат, 3 мортиры и 2 гаубицы. Начавшийся 27 мая 1703 г. интенсивный артиллерийский обстрел Копорья принудил вражеский гарнизон сдаться. Гигантская брешь в юго-западной стене крепости, существующая и в наши дни, видимо, результат губительного огня русской артиллерии.
С 1704 г. русские солдаты производят разные "починки" в Копорье. После окончания военных действий на северо-западе и перехода земель старого новгородского погоста во владение А. Д. Меншикова здесь был построен деревянный дворец для царского любимца.
Расширение русских земель на север и запад, основание Петербурга лишило Копорье и другие крепости прежнего оборонительного значения. Уже без воинских гарнизонов, некогда грозные бастионы переходили из рук в руки частных владельцев как "приложение" к земельным наделам.
В 1763 г. согласно утвержденному Екатериной II "расписанию" Копорье было исключено из состава крепостей. Крепость и город стали маленьким селением, владелец которого, Зиновьев, хотел открыть здесь торговлю тесаной плитой, но управляющий Министерством внутренних дел Ф. Эпгель, учитывая историческую ценность упраздненной крепости, отказал ему в этом, дав заключение: "…подобные древние здания строжайше запрещено разрушать..."
В 1919 г. крепость еще раз послужила оборонительным сооружением. За ее стенами красногвардейцы успешно отражали натиск белогвардейского десанта под командованием Юденича, высадившегося в тылу наших войск. Во время Великой Отечественной войны фашисты захватили Копорье. Крепость была освобождена лишь в 1944 г.