Куки храняться на диске в папке Cookies. Если под nt, то эту папку можно найти в папках пользователя. Срок хранения куки задается при их создании в миллесекундах. Если срок хранения не задавать, то они будут удалены сразу после окончании сессии. Доступ к кукам возможен только с того домена, который их создал.
Что касается дот Нет, то может там и шифруются, а при прямом обращении (напр., с помощью РНР или JS или еще чего-то подобного) этого не происходит. Но это и не нужно. Я предлагал хранить в куках иникальный ID сессии и такой же в базе. И затем сравнивать. Никакие пароли в куках храниться не будут.
Любая авторизация осуществляется на сервере, будь то HTTP или РНР. HTTP авторизация нисколько не превосходит по надежности и гораздо менее удобна. К примеру, я не знаю ни одну серьезную почтовую систему с веб-интерфейсом (yandex, mail, или еще где-нибудь, где серьезно думают о безопасности) где бы выскакивало окно броузера с логином и паролем. Все эти формочки храняться на HTML-странице и результаты передаются post-данными. При HTTP авторизации пароль передается в HTTP-заголовках и прочитать их не сложнее, чем post-данные.
Идея о том что все данные нужно хранить на сервере не отдает новизной. Просто куки созданы для других задач, с которыми они справляются. К примеру, если ты сразу хочешь авторизовываться при входе на этот форум, а не заполнять снова форму, ты ставишь галочку и пишешь в куки. Или чтобы меню на главной страницы этого сайта были раскрыты, ты пишешь в куки. При регистрации переменных сессии этого сделать невозможно. Они удаляются по завершению сеанса. Эти переменные сессии кстати ничем не отличаются просто от глобальных переменных.