Это примитивный инструментарий для программирования и сборки страниц по шаблонам. Используется, если нет возможности или способности применять серьезные языки.
К примеру, на странице три логических блока - заголовок, меню и содержание.
Если первые два не меняются от странице к странице, можно создать пару файлов, в которых будет записана разметка этих блоков, и, при создании страниц вписывать в html-код две строчки SSI для подключения этих блоков. Идея в том, чтобы при необходимости изменения чего-либо на каждой странице сервера не переверстывать все страницы, а изменить разметку в одном/двух файлах. Надеюсь понятно выразился.
Если правильно помню, там всего около десятка команд, однако используется обычно одна - <!--#include virtual="имя.файла"--> - для вставки содержимого файла в страницу. Подробностей уже не скажу, может у кого-то доки есть. Незнайка, если не ошибаюсь, недавно с этим разбирался...