у тебя есть БД your_db, тогда для начала устанавливаешь нужное сравнение:
ALTER DATABASE your_db DEFAULT CHARACTER SET cp1251 COLLATE cp1251_general_ci - запрос через командную строку sql
либо скриптом
mysql_query("ALTER DATABASE your_db DEFAULT CHARACTER SET cp1251 COLLATE cp1251_general_ci");
либо в phpMyAdmin.
а потом в своём скрипте после того, как подсоединился к серверу и базе данных
$link = mysql_connect ( $db_server, $db_login, $db_password );
mysql_select_db ( $db_name, $link );
устанавливашь нужный чарсет
mysql_query("SET CHARACTER SET cp1251");