Не совсем понимаю, какого плана вопрос? Знаю, что вы, aleks, человек довольно грамотный в этих вопросах. Естественно тривиальный ответ на вопрос: отличаются они и довольно сильно, ибо совершенно разный культурный подход. В случае с LFS - это просто набор рекомендаций по самостоятельной сборке функциональной системы на основе ядра. Для Генту же главной целью является централизованная система управления программами и инфраструктурой операционной системы (посредством портежей).
Конечно есть в них и общее: необходимо компилировать практически всю систему из исходников. Но в принципе генту благодаря своей гибкости может использовать уже скомпилированные программы в качестве "пакетов".
Или вопрос был более философский, чем практический?
